El Bypass en Y de Roux actúa a través de 5 mecanismos:

1.- Restricción: Esto ocurre porque el estómago es mucho mas pequeño, esto produce que la cantidad de alimento puede caber en tu nuevo estómago es menor. 

2.- Disminución del apetito: Esto sucede porque al crear un bypass o un "salto" de los alimentos se logra la estimulación de la producción de hormonas, específicamente GLP-1 y PYY, las cuales son hormonas que tienen, entre otras funciones, la saciedad temprana o disminución del apetito.

3.- Aumento del metabolismo: El incremento o aceleración del metabolismo celular ocurre de manera inmediata después de la cirugía, esto ocurre principalmente por la liberación de las hormonas que se producen en el intestinal distal GLP-1 y PYY y las hormonas que se producen cuando el alimento se salta la primera porción del intestino, GIP. 

4.- Aumento de la saciedad: El alimento pasa con mayor rapidez hacia el intestino, esto se conoce como "aumento del vaciamiento gástrico" esto ocurre por la presión generada por el pequeño estómago. La entrada de alimento rápidamente en el intestino distal provoca que se genera un mecanismo de retroalimentación negativa, es decir, el cuerpo percibe que existe ya alimento en la parte final del intestino de forma "rápida" lo cual provoca incremento importante de la saciedad.

5.- Disminución de la absorción: La conexión que existe entre el intestino y el estómago permiten que los alimentos se salten entre 1.5 a 3 metros de intestino (la medida total del intestino varía entre 4 a 7 metros), lo cual disminuye la absorción total de los alimentos.